忍者必须死3游戏中共有5名主角，其能力与属性也各不相同。忍者拥有两个不同的流派，不同的流派拥有独立的忍术及对应的天赋树；流派可以在战斗中切换。同一忍者的两个流派可以携带同一件宝物，但武器不可继承。
1、小黑
来自忍村的黑衣少年，立志成为一名优秀的忍者，在一次又一次的冒险中不断成长。
火龙炎弹：召唤数个炙热火球，追踪攻击目标。
龙炎轮舞：召唤巨大火球环绕自身，再次点击忍术图标可扩大旋转半径持续追踪BOSS,忍术结束前火球将回归忍者身旁，化作炎龙吞噬敌人。
2、阿力
修习忍者之道的熊猫，曾与小黑一起在忍者学校学习。
烈雷暴丸：凝聚雷之力，制造一个极不稳定巨型雷球。雷球缓慢向前移动，摧毁路径上的一切目标。
3、琳
玉狐族的少女，离开族群寻找自身的宿命。
冰天雪葬：制造极寒领域，并召唤暴风雪。
幻雪·舞霜华：玉狐一族的传承秘术，召唤幻雪霜花发射2条逐渐相吸的冰冻射线，聚合完成后射线将合为1条（聚合阶段），忍术行将结束时进入霜之舞阶段，霜花不断膨胀向前飞出井分裂出更多射线，最终如繁星般碎裂消逝。
4、苍牙
曾在执行一项任务的过程中失去了战友，自此带上了面具。从云之国修行归来，忍村的超级精英。
魔风鬼轮：甩出高速旋转的手里剑攻击目标。（再次点击可收回或甩出手里剑）
5、小椒
竹叶寨收养的人类孤儿，身上蕴藏着神秘的火焰力量，为了追寻自己的身世，加入了忍者主角团队。
百烈凤炎：以急速的腿法踢出大量烈焰火球，犹如凤凰的翎羽。（释放期间可通过操作攻击与非攻击状态，非攻击状态下忍术能量消耗速度降低）
